农产品质量安全工程的指导思想是：以推进高效农业规模化为目标，以提高农产品质量安全水平为核心，立足“质量安全、放心产品、出入平安”，加强安全优质农产品生产基地建设，加快无公害农产品、绿色食品和有机农产品认证步伐，强化农产品质量安全政府例行监测，实行农产品“产地准出和市场准入”全程质量控制，不断提升农产品质量安全水平和市场竞争能力，促进农业增效和农民增收。主要内容是：“推进三个建设，强化三项检测，加快三品认证，提高三支队伍”。一是推进三个建设，即建设无公害农产品产地认定、无公害农产品（绿色食品、有机农产品）标准化生产示范基地、农产品质量安全示范县；二是强化三项检测，即政府强制性例行监测、农产品市场准入和产地准出速测、无公害农产品产地认定整体推进县动态管理检测；三是加快三品认证，即无公害农产品、绿色食品、有机农产品认证；四是提高三支队伍，即农产品质量安全技术队伍、农产品质量检验检测机构、农产品质量安全监管体系。